Te equivocas en una factura: el cliente no era ese, el importe estaba mal o directamente la emitiste dos veces. Hasta ahora bastaba con borrarla del programa y volver a empezar. Con VeriFactu eso se acaba: cada factura genera un registro encadenado que no se puede eliminar ni modificar. Entonces, ¿cómo se anula una factura con VeriFactu?

La respuesta corta es que hay tres caminos distintos —el registro de anulación, la factura rectificativa y la subsanación— y elegir el equivocado es uno de los errores más habituales al adaptarse al nuevo sistema. En esta guía te explicamos cuándo usar cada uno, con ejemplos prácticos. Si aún no conoces bien el sistema, empieza por nuestra guía completa de VeriFactu y la Ley Antifraude.

Por qué con VeriFactu ya no se puede borrar una factura

El Reglamento de los sistemas informáticos de facturación (Real Decreto 1007/2023) y su desarrollo técnico (Orden HAC/1177/2024) exigen que el software garantice la integridad, inalterabilidad y trazabilidad de los registros. Para conseguirlo, cada vez que emites una factura el programa crea un registro de facturación de alta que incluye:

  • Los datos esenciales de la factura: NIF del emisor, serie y número, fecha, destinatario, importes y desglose de IVA.
  • Una huella (hash) calculada a partir de esos datos.
  • La huella del registro anterior, de modo que todos los registros quedan encadenados en una secuencia.
  • La fecha y hora de generación del registro.

Si alguien borrara o modificara una factura ya registrada, la cadena se rompería y la alteración sería detectable. Por eso un programa adaptado no te deja eliminar facturas emitidas: cualquier corrección tiene que dejar rastro mediante un nuevo registro. Eso no es un fallo del software, es exactamente lo que exige la norma, y usar un programa que permita borrar sin rastro es una de las conductas que la ley castiga (lo explicamos en nuestro artículo sobre sanciones de VeriFactu).

Los tres caminos para corregir un error

Antes de entrar en detalle, este es el resumen que conviene tener a mano:

  • Registro de anulación: la factura no debería haber existido nunca. Por ejemplo, se generó por error, está duplicada o no corresponde a ninguna operación real.
  • Factura rectificativa: la operación existió, pero la factura tiene un error o las condiciones han cambiado después (devolución, descuento, importe o tipo de IVA incorrectos, datos del cliente equivocados).
  • Subsanación: la factura es correcta, pero algún dato del registro de facturación se envió o guardó mal y hay que corregirlo sin tocar la factura.

La pregunta clave para decidir es sencilla: ¿la operación ocurrió de verdad? Si la respuesta es sí, casi siempre necesitarás una rectificativa, no una anulación.

Qué es el registro de anulación de VeriFactu

El registro de anulación es un tipo específico de registro de facturación que deja constancia de que una factura registrada previamente queda sin efecto. No elimina el registro original: lo conserva y añade uno nuevo, también encadenado con su propia huella, que indica que esa factura se ha anulado.

En modalidad VERI*FACTU, el registro de anulación se remite a la Agencia Tributaria igual que el de alta. En la modalidad no verificable se conserva en el propio sistema junto con el resto de registros, con los requisitos adicionales que esa modalidad exige. Si no tienes claro cuál de las dos usas, revisa nuestra comparativa VeriFactu o sistema no verificable.

Cuándo tiene sentido anular

  • Has emitido la misma factura dos veces por error (doble clic, importación duplicada).
  • Generaste una factura de prueba en el entorno real del programa.
  • Creaste la factura para una operación que finalmente no se llegó a realizar y la factura no ha surtido efectos.
  • La emitiste a nombre de un cliente totalmente equivocado y no se la has enviado a nadie.

Cuándo no debes anular

Si la factura ya se envió al cliente y responde a una venta o servicio real, anularla no es la vía adecuada aunque el programa te lo permita técnicamente. El cliente puede haberla contabilizado y deducido su IVA, y la normativa de facturación prevé un mecanismo concreto para corregirla: la factura rectificativa.

Factura rectificativa: la vía para operaciones reales

El Reglamento de facturación (Real Decreto 1619/2012) obliga a expedir una factura rectificativa cuando la factura original no cumple alguno de los requisitos legales o cuando, después de emitirla, se modifica la base imponible (devoluciones, descuentos posteriores, operaciones que quedan sin efecto, impagos en los supuestos previstos por la ley).

Con VeriFactu, la rectificativa es simplemente una nueva factura con su propio registro de alta, identificada como rectificativa y vinculada a la factura que corrige. Puede hacerse por sustitución (anula los importes de la original y los reemplaza por los correctos) o por diferencias (solo recoge el importe a corregir, en positivo o negativo). Tienes todos los detalles y ejemplos numéricos en nuestra guía de la factura rectificativa.

Recuerda que las rectificativas suelen llevar una serie propia (por ejemplo, R-2027-001) y deben indicar la referencia de la factura que rectifican y el motivo.

La subsanación: corregir el registro sin tocar la factura

Hay un tercer escenario menos conocido: la factura es correcta, pero el registro de facturación contiene algún dato erróneo que no afecta a la factura en sí, o un registro remitido fue rechazado por la Agencia Tributaria por un fallo técnico. En esos casos, la normativa técnica contempla la subsanación: el sistema genera un nuevo registro de alta que corrige el anterior, de nuevo encadenado y trazable, sin necesidad de emitir otra factura al cliente.

En la práctica, la subsanación la gestiona normalmente el propio software al detectar el error o el rechazo, así que como usuario rara vez tendrás que hacer nada manualmente. Lo importante es saber que existe para no emitir una rectificativa innecesaria por un problema que solo afecta al registro.

Ejemplos prácticos de cada caso

Caso 1: factura duplicada

Laura, diseñadora autónoma, importa un pedido y el programa genera por error dos facturas idénticas, la 2027-045 y la 2027-046. Solo ha enviado la primera al cliente. Lo correcto es anular la 2027-046 mediante un registro de anulación. La numeración no se borra: queda constancia de que esa factura existió en el sistema y de que se anuló.

Caso 2: importe incorrecto ya enviado

Marcos, consultor, factura 1.000 € de base imponible cuando lo pactado eran 800 €, y el cliente ya ha recibido la factura. Aquí la operación es real, así que debe emitir una factura rectificativa: por diferencias, con −200 € de base y su IVA correspondiente, o por sustitución, indicando los importes correctos.

Caso 3: devolución parcial

Una tienda online vende un pedido de 300 € y el cliente devuelve productos por valor de 100 €. La factura original era correcta cuando se emitió; lo que cambia es la base imponible. Corresponde una rectificativa por diferencias de −100 €, nunca la anulación de la factura original. Si la venta se documentó con ticket, revisa también cómo funciona la factura simplificada con VeriFactu.

Caso 4: registro rechazado por un error técnico

El programa remite un registro y la Agencia Tributaria lo rechaza por un dato mal formado en el envío, aunque la factura entregada al cliente es correcta. Se resuelve con una subsanación del registro; el cliente no tiene que recibir nada nuevo.

Errores frecuentes al anular facturas con VeriFactu

  • Usar la anulación como atajo para no hacer una rectificativa. Si la operación existió y el cliente tiene la factura, anularla deja una contabilidad incoherente con la de tu cliente.
  • Intentar «reciclar» el número de una factura anulada para otra operación distinta sin comprobar cómo lo gestiona tu programa. Lo más seguro es continuar la numeración correlativa y dejar la anulada como está.
  • Corregir fuera del programa, editando el PDF a mano. El PDF modificado ya no coincidiría con el registro ni con el código QR de VeriFactu, y cualquier comprobación pondría de manifiesto la discrepancia.
  • Olvidar comunicarlo al cliente. Si anulas o rectificas una factura que ya enviaste, avisa al cliente y envíale el documento correspondiente para que pueda ajustar su contabilidad.
  • Usar software que permite borrar facturas sin dejar rastro. Es justo lo que la normativa prohíbe; si tu programa actual lo permite, es una señal clara de que no está adaptado. Te contamos cómo elegir uno en nuestra guía de software VeriFactu.

Desde cuándo tienes que aplicar estas reglas

Para los autónomos que tributan en IRPF en territorio común, la obligación de usar un sistema de facturación adaptado está prevista a partir del 1 de julio de 2027; las sociedades tienen una fecha anterior, el 1 de enero de 2027. Como el calendario se ha modificado en más de una ocasión, confirma siempre la fecha vigente en la sede electrónica de la Agencia Tributaria. Quedan fuera de VeriFactu quienes ya llevan los libros a través del SII y los contribuyentes de los territorios forales, que tienen sus propios sistemas.

Aunque falte tiempo, acostumbrarte ya a corregir con rectificativas en lugar de borrar te ahorrará problemas cuando la obligación sea efectiva. Y ten presente que VeriFactu es independiente de la obligación de factura electrónica entre empresas; si quieres ver cómo encajan ambas, consulta nuestro artículo sobre la factura electrónica obligatoria y la Ley Crea y Crece.

Anula y rectifica facturas sin complicaciones con Facturi

Facturi está diseñado para que no tengas que memorizar nada de esto. Cuando necesitas corregir una factura, el programa te guía hacia la opción adecuada: genera la rectificativa con su serie, la referencia a la factura original y el motivo, o crea el registro de anulación cuando la factura no debía existir. Todo queda encadenado y con su huella, y el código QR se incluye automáticamente en cada factura.

Prueba Facturi gratis y emite facturas preparadas para VeriFactu desde el primer día, sin miedo a equivocarte.

Preguntas frecuentes sobre anular facturas en VeriFactu

¿Puedo eliminar una factura emitida con un programa VeriFactu?

No. Un sistema adaptado no permite borrar facturas emitidas. Puedes dejarla sin efecto con un registro de anulación o corregirla con una factura rectificativa, pero el registro original siempre se conserva.

¿La anulación sustituye a la factura rectificativa?

No. La anulación es para facturas que no deberían haber existido; la rectificativa, para corregir facturas de operaciones reales o cuando cambia la base imponible después de emitirlas.

¿Tengo que avisar a Hacienda cuando anulo una factura?

En modalidad VERI*FACTU, el propio programa remite automáticamente el registro de anulación a la Agencia Tributaria. En la modalidad no verificable, el registro se conserva en el sistema a disposición de la Administración.

¿Y si me equivoco en el NIF del cliente?

El NIF del destinatario es un requisito de la factura completa, así que si ya la has enviado lo habitual es emitir una factura rectificativa con los datos correctos. Si dudas sobre tu caso concreto, consulta con tu asesor fiscal.